国府台病院の歴史は古く、1872年(明治5年)の東京教導団兵学寮病室創設までさかのぼります。陸軍管轄の病院として、陸軍下士官養成機関である陸軍教導団に併設されました。
その後、1899年(明治32年)国府台衛戊病院、1936年(昭和11年)国府台陸軍病院、終戦とともに国立国府台病院となりました。1987年(昭和62年)には国立精神・神経センターと統合しました。その後、2008年国立国際医療センターと合併、2010年国立国際医療研究センター国府台病院となりました。
国立国際医療センターと合併後は精神神経の専門病院から総合病院へと変化しつつあります。
内科は国際医療センターと合併後から徐々に拡充され、現在は内科の常勤スタッフは約40名になっています。