国府台病院の歴史は古く、1872年（明治5年）の東京教導団兵学寮病室創設までさかのぼります。陸軍管轄の病院として、陸軍下士官養成機関である陸軍教導団に併設されました。

　その後、1899年（明治32年）国府台衛戊病院、1936年（昭和11年）国府台陸軍病院、終戦とともに国立国府台病院となりました。1987年（昭和62年）には国立精神・神経センターと統合しました。その後、2008年国立国際医療センターと合併、2010年国立国際医療研究センター国府台病院となりました。

　2025年4月からは国立国際医療研究センターと国立感染症研究所を組織統合し、国立健康危機管理研究機構となりました。それとともに当院も国立国府台医療センターに名称変更しました。